Tuy những người tự nhận là vô thần thường được coi là không tôn giáo, một số giáo phái của một số tôn giáo lớn phủ nhận sự tồn tại của một đấng tác tạo có vị cách.[106] Những năm gần đây, một số giáo phái đã thu nạp một số tín đồ vô thần công khai, chẳng hạn như Do Thái giáo nhân văn (humanistic Judaism) hay người Do Thái vô thần[107][108] và những người vô thần Ki-tô giáo.[109][110][111]

Theo cách hiểu chặt chẽ nhất, chủ nghĩa vô thần chứng thực không nói đến một niềm tin cụ thể nào ngoài sự không tin vào bất cứ thần thánh nào. Do đó những người vô thần có thể có các niềm tin tâm linh. Vì lý do này, người vô thần có thể có các niềm tin luân lý đa dạng, từ thuyết phổ quát đạo đức (moral universalism) của chủ nghĩa nhân văn, thuyết nói rằng cần áp dụng thống nhất một quy tắc đạo đức cho tất cả mọi người, tới thuyết hư vô đạo đức (moral nihilism), thuyết cho rằng đạo đức là vô nghĩa.[112]

Tuy là một chân lý triết học, được bao hàm trong song đề Euthyphro của Plato rằng vai trò của các vị thần trong việc xác định đúng sai là không cần thiết hoặc có tính thất thường, luận cứ rằng đạo đức phải xuất phát từ Chúa Trời và không thể tồn tại mà không có một đấng đạo hóa thông thái đã là một đặc trưng dai dẳng của các cuộc tranh luận chính trị hay triết học.[113][114][115] Các quy tắc chung về đạo đức như "giết người là sai" được xem là luật thần thánh, đòi hỏi một nhà làm luật và phán xét thần thánh. Tuy nhiên, nhiều nhà vô thần lý luận rằng việc đối xử với đạo đức một cách quá pháp lý đã dùng đến một phép loại suy sai (false analogy), và đạo đức không phụ thuộc vào một nhà lập pháp theo cùng cách của các luật pháp.[116]

Các nhà triết học Susan Neiman[117] và Julian Baggini[118] cùng với một số người khác cho rằng cư xử một cách có đạo đức chỉ vì một quyền lực thần thánh đòi hỏi thì không phải là hành vi đạo đức chân chính mà chỉ là sự tuân phục mù quáng. Baggini lập luận rằng chủ nghĩa vô thần là một cơ sở tốt hơn cho luân lý học. Ông cho rằng một cơ sở đạo đức nằm ngoài các mệnh lệnh tôn giáo là cần thiết cho việc đánh giá tính đạo đức của chính các mệnh lệnh đó - để có thể nhận thức được rõ ràng, ví dụ "người hãy ăn cắp" là vô đạo đức, ngay cả khi tôn giáo của ai đó ra lệnh như vậy - và rằng những người vô thần do đó có lợi thế trong việc có xu hướng đưa ra một đánh giá như vậy.[119] Nhà triết học đương đại người Anh Martin Cohen đã đưa ra ví dụ có ý nghĩa quan trọng về các mệnh lệnh trong Kinh Thánh có tính chất ủng hộ tra tấn và chế độ nô lệ, ông coi đây là bằng chứng cho thấy các mệnh lệnh tôn giáo đã tuân theo các truyền thống chính trị và xã hội chứ không phải ngược lại. Nhưng ông cũng ghi nhận rằng có vẻ những nhà triết học được cho là vô tư và khách quan cũng đồng tình với xu hướng này.[120] Cohen phát triển luận cứ này một cách chi tiết hơn trong tác phẩm Political Philosophy from Plato to Mao (Triết học chính trị từ Plato đến Mao), trong đó ông lập luận rằng Kinh Koran đóng một vai trò trong việc duy trì các quy tắc xã hội có từ đầu thế kỷ VII bất chấp những thay đổi trong xã hội thế tục.[121]

Tuy nhiên, những nhà vô thần như Sam Harris đã lập luận rằng sự phụ thuộc của các tôn giáo phương Tây vào thần quyền đã dẫn nó tới sự chủ nghĩa chuyên chế và giáo điều.[122] Chủ nghĩa cơ yếu tôn giáo (religious fundamentalism) và khuynh hướng tôn giáo ngoại tại (extrinsic religious orientation) (khi tôn giáo được gìn giữ vì nó phục vụ các lợi ích kín đáo)[123] đã được xem là có tương quan với chủ nghĩa chuyên chế, giáo điều, và thành kiến.[124] Luận cứ này kết hợp với các sự kiện lịch sử được cho là thể hiện sự nguy hiểm của tôn giáo như Thập tự chinh, tòa án dị giáo, truy lùng phù thủy, tấn công khủng bố – thường được những nhà vô thần bài tôn giáo sử dụng để biện minh cho các quan điểm của mình.[125] Các tín đồ phản biện rằng một số chế độ cổ xúy vô thần như Liên Xô và Trung Quốc đã gây ra cái chết của rất nhiều người.[126][127] Để phản bác, các nhà vô thần như Sam Harris và Richard Dawkins cho rằng những sự tàn ác đó bị ảnh hưởng bởi chủ nghĩa Marx giáo điều chứ không phải chủ nghĩa vô thần, và rằng trong khi Stalin và Mao Trạch Đông là những người vô thần, họ không thực hiện những điều đó nhân danh chủ nghĩa vô thần.[128][129]